Анализ кала на кишечные вирусы

Метод определения
ПЦР в реальном времени (RT-PCR).

Исследуемый материал
Кал

Тест используют в целях лабораторного подтверждения энтеровирусной инфекции (выявляется общая для различных видов и серотипов энтеровирусов нуклеотидная последовательность).

Энтеровирусы – род РНК-содержащих вирусов, который относится к семейству пикорнавирусов (Picornaviridae). Энтеровирусной инфекции подвержены лица всех возрастов, но наиболее восприимчивы к ней дети. Эта инфекция часто может оставаться нераспознанной, поскольку в большинстве случаев протекает бессимптомно (у 85% инфицированных лиц) либо в легкой или среднетяжелой форме, напоминающей обычную простуду (в 12-14% случаев). Тяжелое течение заболевания (спектр клинических форм см. ниже) отмечают у 1-3% инфицированных. Потребность в лабораторном подтверждении энтеровирусной инфекции для отличия от других видов патологии возникает при тяжелых формах заболевания (в том числе менингитах, энцефалитах) или при эпидемических вспышках инфекции.

Среди энтеровирусов выделяют различные виды и серотипы. Заболеваемость, связанная с полиомиелитными энтеровирусами (полиовирусами), во многих странах, включая Россию, практически ликвидирована благодаря эффективной вакцинации. Среди неполиомиелитных энтеровирусов потенциальную опасность для человека представляют 70 серотипов.

Вид	Число серотипов	Серотипы
A	16	Коксаки A2–8, 10, 12, 14, 16 Энтеровирусы 71, 76, 89–91
B	41	Коксаки A9, Коксаки B1–6 ЕСНО 1–7, 9, 11–21, 24–27, 29–33 Энтеровирусы 69, 73–75, 77, 78
C	11	Коксаки A1, 11, 13, 15, 17–22, 24
D	2	Энтеровирусы 68 и 70

Пик заболеваемости, связанной с энтеровирусами, приходится на лето и осень. Основной механизм передачи – фекально-оральный (включает пищевой, водный и бытовой (через предметы обихода) пути), возможен воздушно-капельный путь передачи инфекции. Относительная роль каждого из путей передачи может варьировать в зависимости от разновидности энтеровирусов, сроков после начала болезни, жизненных условий. Возможна вертикальная (трансплацентарная) передача инфекции от матери к плоду во время беременности.

Размножение вирусов начинается в эпителии желудочно-кишечного тракта. Из желудочно-кишечного тракта вирусные частицы попадают в кровоток и поражают внутренние органы, где проходит вторая волна размножения вируса. Энтеровирусы можно обнаружить в секретах дыхательных путей и фекалиях инфицированных лиц, иногда – в крови и спинномозговой жидкости.

Особенностью энтеровирусной инфекции является то, что различные клинические формы заболевания могут быть обусловлены представителями одного серотипа, а сходные клинические проявления могут вызывать разные серотипы вирусов. Лишь для некоторых серотипов энтеровирусов характерен определенный комплекс симптомов, который не наблюдается при инфицировании другими разновидностями. Многие из возможных клинических проявлений не являются специфичными для энтеровирусной инфекции и встречаются при других инфекционных заболеваниях.

Заболевания, вызываемые энтеровирусами, можно разделить на две группы:

Менее опасные формы заболевания: трехдневная лихорадка с сыпью или без, герпангина, плевродиния, везикулярный фарингит, конъюнктивит, увеит, гастроэнтерит.
Потенциально тяжелые формы заболевания: менингит, энцефалит, острый паралич, септикоподобные состояния у новорожденных, миокардит, перикардит, гепатит, хронические инфекции у лиц с иммунодефицитами.

Основные методы лабораторной диагностики энтеровирусной инфекции – выделение энтеровирусов в культуре клеток и обнаружение РНК энтеровирусов методом ПЦР. По сравнению с методом выделения и идентификации вируса с применением культуры клеток, ПЦР-исследование обладает большей чувствительностью и требует меньших временных затрат.

Присутствие энтеровирусов в фекалиях не является специфичным только для периода острых клинических проявлений, вирусная РНК в пробах кала может обнаруживаться до одного месяца и более от начала инфицирования. Следует учитывать, что, в соответствии с указаниями Роспотребнадзора, обнаружение РНК энтеровирусов в образцах фекалий (в отсутствие эпидемической вспышки) не может служить основанием для лабораторного подтверждения этиологии серозных менингитов, заболеваний верхних дыхательных путей, диарейных инфекций и лихорадочных заболеваний неясной этиологии вследствие высокой частоты носительства энтеровирусов в популяции.

Аналитическая чувствительность (фекалии) – 1х104 ГЭ/мл.

Литература

Ботвиньева В.В., Намазова-Баранова Л.С., Гордеева О.Б., Ботвиньев О.К., Коноплева Т.Н. Современные возможности диагностики, профилактики и лечения энтеровирусной инфекции Коксаки у детей. Педиатрическая фармакология. – М. 2012;9(3):40-45.
Инфекционные болезни у детей. Под ред. Д. Марри. – М.: Изд. «Практика». 2006:928.
Эпидемиологический надзор и профилактика энтеровирусных (неполио) инфекций: Методические указания. МУ 3.1.1.2363-08. Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека. – М. 2008.
Kupila L., Vuorinen T., Vainionpõā R., Marttila R.J., Kotilainen P. Diagnosis of Enteroviral Meningitis by Use of Polymerase Chain Reaction of Cerebrospinal Fluid, Stool, and Serum Specimens. Clinical Infectious Diseases. 2005;40(7):982-987.
Материалы фирмы-производителя реагентов.

Источник

Анализ кала на кишечную группу – это один из методов лабораторного определения острых и хронических заболеваний пищеварительной системы инфекционного генеза (происхождения).

В ходе исследования оценивается соотношение бактериальных групп, составляющих основу микрофлоры кишечника, и возможное присутствие болезнетворных микроорганизмов. Полученные результаты являются основанием для постановки диагноза, выбора тактики терапии и медикаментов.

Нарушение микрофлоры кишечника

Основная часть микросреды сосредоточена в толстой кишке – нижней зоне кишечного отдела пищеварительного тракта. Микрофлору представляют несколько сотен микроорганизмов, образующих симбиотическую систему. Бактерии классифицируются на три кишечных группы: полезные, условно-патогенные и вредоносные (патогенные).

В здоровом кишечнике содержатся только представители первых двух групп, в строго сбалансированном количестве. Их соотношение составляет 9 к 1. Нарушение равновесия между полезными и условно-патогенными бактериями вызывает дисбактериоз (иначе, дисбиоз).

Справка! Основной причиной энергичного размножения микробов условно-патогенной группы является ослабление защитных сил организма. При снижении иммунитета любое негативное воздействие на организм может стать триггером (толчком) к активизации потенциальных возбудителей болезни.

Патогенных микроорганизмов в микрофлоре кишечника быть не должно. При их внедрении в организм, развиваются инфекционные процессы различной степени тяжести. Проникновение патогенов может спровоцировать состояние тяжелой интоксикации, угрожающее жизни пациента. Анализ кала определяет качественно-количественный состав каждой кишечной группы.

Классификация	Форма существования	Норма в %	Представители
группа полезных бактерий	облигатные анаэробы (бескислородное существование)	90	бифидобактерии, бактероиды, лактобактерии, энтерококки, кишечная палочка, эубактерии и др.
группа условных патогенов	факультативные или не строгие анаэробы (способные к жизни при кислороде и без него)	10	стафилококки (сапрофитный, эпидермальный), дрожжевые грибки (кандида), пептококки, фузобактерии, бацилы, клостридии и др.
болезнетворные микроорганизмы	факультативные анаэробы и аэробы (нуждающиеся в кислороде)	0	синегнойная палочка, сальмонелла; холерный вибрион, инвазивная и токсигенная кишечная палочка, шигелла и др.

Заражение болезнетворными бактериями чаще всего происходит при употреблении инфицированных продуктов, несоблюдении санитарно-гигиенических норм либо вследствие распространения нозокомиальных (внутрибольничных) инфекций.

Показания для проведения исследования

Исследование экскрементов на кишечную группу назначается по совокупности характерных симптомов:

субфебрильная (37–38°С) и фебрильная (38–39°С) температура тела на фоне многократной диареи и рвоты;
диспептический синдром (нарушение пищеварения) и боли в области живота;
наличие в каловых массах кровянистых, гнойных и слизистых примесей;
слабость, цефалгический синдром (головная боль), бледность кожи, потеря аппетита.

В рамках профилактического обследования анализ кала на кишечные инфекции производится:

при поступлении ребенка в дошкольное воспитательное учреждение и школу;
на плановом профосмотре медицинского персонала, работников сферы общественного питания и торговли продовольственными товарами, педагогического состава детских садов;
после контакта с зараженными людьми;
во время введения карантина при вспышках кишечных инфекций в детских учебных и дошкольных учреждениях.

В обязательном порядке контрольный анализ каловых масс проводится после курсового лечения кишечной инфекции. В государственных больницах (поликлиниках) направление на проверку микрофлоры выдает врач-инфекционист. Самостоятельно сдать кал на анализ можно на платной основе в лабораторных службах и клинико-диагностических центрах, работающих в Москве и других крупных городах.

Подготовка к анализу

Достоверные результаты исследования обеспечивает правильная подготовка организма, включающая:

Отказ от применения лекарственных препаратов, которые могут ликвидировать часть микрофлоры кишечника, и тем самым исказить итоговые данные. К таким препаратам относятся антибиотики, сорбенты (Энтеросгель, Полисорб, Активированный уголь и т. д.), закрепляющие и слабительные медикаменты.
Коррекцию рациона. За 2–3 дня до сдачи экскрементов необходимо устранить из меню жирную пищу, жареные блюда, продукты и напитки, вызывающие излишнее газообразование (фасоль и горох, газировку, капусту, черный хлеб и сдобную выпечку).
Исключение любых алкоголь содержащих напитков.
Отказ от использования микроклизм и ректальных суппозиториев.

Назначенное ранее рентгенографическое обследование органов ЖКТ (желудочно-кишечного тракта) необходимо перенести на постаналитический период. При необходимости проведения исследование грудному ребенку, за 3–4 дня до сбора каловых масс запрещается вводить новый прикорм.

Сбор биоматериала на анализ

Для сбора и транспортировки экскрементов в лабораторию необходимо приобрести стерильный аптечный контейнер, снабженный герметичной крышкой и пластиковой ложкой. При жидких каловых массах используется заранее купленная пипетка.

Разновидности аптечных контейнеров для сдачи анализа кала

Большинство лабораторий не принимает образцы биоматериала в непредназначенной для этого таре. Попадание в кал посторонних примесей приводит к неточностям в результатах. Сдавать анализ в лабораторию следует утром, не позднее, чем через 2–3 часа после помещения экскрементов в контейнер. Если образцы подвергаются заморозке или хранятся при комнатной температуре более трех часов, они становятся непригодными для изучения.

Сбор частиц кала включает соблюдение следующих условий:

проведение гигиенических процедур аноректальной области перед опорожнением кишечника;
опорожнение мочевого пузыря;
использование судна либо полиэтилена, бумажных листов (непосредственно из унитаза собирать экскременты нельзя, во избежание попадания микробов);
заполнение контейнера (с помощью ложечки) на одну треть;
герметичное закрытие емкости.

Если в каловых массах имеются кровяные вкрапления, гнойные примеси, слизь, их фрагменты необходимо собирать в первую очередь. При проведении микроскопии такие примеси могут стать основанием для дальнейшего обследования пациента на онкологию (колоректальный рак), желудочные кровотечения, патологии поджелудочной железы.

Женщинам не рекомендуется сдавать анализ в начале фолликулярной фазы менструального цикла (период кровяных выделений). При экстренной диагностике нужно воспользоваться тампоном, чтобы предотвратить попадание менструальной крови в экскременты.

Дополнительно

Забор образца для анализа на кишечную группу может быть произведен в лечебном учреждении. Медицинский специалист вводит в анус пациента стерильный тампон и прокручивает. После извлечения тампон помещается в специальную лабораторную посуду. При хронической диарее забор каловых масс производится посредством катетера.

Важно! Соблюдение условий подготовки к анализу и сбора биоматериала обеспечивает максимальную информативность результатов.

Проведение исследования

Для изучения сданного биоматериала на кишечную группу используется несколько лабораторных методов. Выбор зависит от предполагаемого диагноза. Бактериоскопия оценивает микрофлору посредством многократного увеличения исследуемого образца под микроскопом. Результатом может быть наличие либо отсутствие патогенных микроорганизмов.

В ходе бактериологического исследования образцы биоматериала помещаются в разные лабораторные емкости со специальными растворами. Жидкости представляет собой питательную среду, благоприятную для развития той, или иной разновидности бактерий.

Присутствие и вид патогенов определяется по их активному росту, размножению, и образованию колоний. Величиной измерения принята КОЕ (колониеобразующая единица). На искусственно выращенной колонии проводится антибиотикограмма (проверка резистентности микроорганизмов к антибактериальным препаратам).

Наиболее высокая высеваемость возбудителей кишечных инфекций наблюдается в первые дни заболевания

Многие из условно-патогенных и болезнетворных микроорганизмов обладают высокой устойчивостью к антибиотикам. Ценность антибиотикограммы заключается в возможности выбора максимально эффективного препарата для лечения дисбактериоза или кишечной инфекции.

Сколько делается анализ, зависит от активности роста численности бактерий, и степени загруженности конкретной лаборатории. Сроки выполнения могут варьироваться от 3–4 дней до 1,5–2 недель.

Результаты исследований

Для оценки условно-патогенной флоры (УПФ) полученные результаты сравниваются с принятыми нормативами.

Нормы условно-патогенных микроорганизмов (учет в КОЕ)

Стафилококки (сапрофитный, эпидермальный)	Грибки рода Кандида	Пептококки	Фузобактерии	Бациллы	Клостридии
≤104	≤104	109–1010	108–109	109–1010	≤104

Превышение нормы УПФ свидетельствует о развитии дисбактериоза.

Нормальные значения для полезных бактерий (в КОЕ)

Бифидобактерии	Бактероиды	Лактобактерии	Кишечная палочка	Энтерококки	Эубактерии
109–1010	109–1010	107–108	107–108	105–108	109–1010

При анализе каловых масс на кишечную палочку учитывается разновидность штамма. Вид E. Coli O157:H7 является патогеном и вызывает бактериальные инфекции желчновыводящих и мочевыводящих протоков, а также пневмонию и менингит бактериального характера. В ходе бактериоскопии могут быть обнаружены протозоозы и яйца гельминтов (глистов). В данном случае пациенту назначается дополнительные анализы на выявление паразитарных инвазий.

Справка! Протозоозами называются простейшие одноклеточные паразиты, вызывающие инфекционные заболевания. К наиболее распространенным относятся: балантидиоз, амебиаз, токсоплазмоз, лейшманиоз, лямблиоз, трихомониаз.

При определении патогенных микроорганизмов диагноз ставится на основании вида обнаруженных бактерий.

Название патогена	Заболевание	Особенности бактерии
шигелла (Shigella)	шигеллез (бактериальная дизентерия)	высокая вирулентность и токсичность
сальмонелла (Salmonella)	сальмонеллез	устойчивость к окружающей среде. Разновидность Salmonella typhi вызывает брюшной тиф.
холерный вибрион (Vibrio cholerae)	холера	провоцирует развитие сопутствующих гнойных инфекций
синегнойная палочка (Pseudomonas aeruginosa)	инфекционный энтероколит или гастроэнтероколит, синегнойная инфекция органов дыхания, нервной системы, ЖКТ, мочевыводящих путей	высокая подвижность, токсичность иммуностойкость к антибиотикам

В силу высокой контагиозности кишечных инфекций пациентам с диагностированными заболеваниями показана обязательная госпитализация.

Итоги

Анализ каловых масс на кишечную группу позволяет оценить состояние микрофлоры, диагностировать дисбиоз, дифференцировать вид возбудителя кишечных инфекций и подобрать наиболее результативную терапию.

Многие инфекционные заболевания вызывают тяжелые осложнения, опасные для жизни пациента. Необходимость проведения исследования определяется врачом-инфекционистом. Сдать анализ можно в государственных медицинских учреждениях и платных клинико-диагностических центрах.

Источник

[09-134]
Острые кишечные инфекции, скрининг (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus 2 генотип, Astrovirus)

1920 руб.

Комплексное молекулярно-генетическое исследование, которое позволяет выявить генетический материал наиболее вероятных возбудителей острых кишечных инфекций в кале и установить этиологию заболевания.

Синонимы русские

ОКИ, ПЦР (кал).

Синонимы английские

Acute intestinal infection screening; Bacterial and viral diarrhea screening, PCR, fecal samples.

Метод исследования

Полимеразная цепная реакция в режиме реального времени.

Какой биоматериал можно использовать для исследования?

Кал.

Как правильно подготовиться к исследованию?

Исследование рекомендуется проводить до начала приема антибиотиков и других антибактериальных химиотерапевтических препаратов.
Исключить прием слабительных препаратов, введение ректальных свечей, масел, ограничить прием медикаментов, влияющих на перистальтику кишечника (белладонна, пилокарпин и др.) и на окраску кала (железо, висмут, сернокислый барий), в течение 72 часов до сбора кала.

Общая информация об исследовании

Острые кишечные инфекции (ОКИ) – группа заболеваний, обусловленных вирусами, бактериями или паразитами, для которых характерен фекально-оральный механизм передачи. Общими для данных инфекций являются факторы передачи: пищевые продукты, вода, инфицированные бытовые предметы и грязные руки. Первые симптомы возникают через несколько часов или дней после инфицирования, начало резкое, с появлением частого жидкого стула, рвоты, боли в животе, признаков интоксикации (лихорадки, озноба, тошноты). Заболевание может носить групповой характер и проявиться у нескольких человек, употреблявших инфицированную пищу или воду.

Согласно официальной статистике, в России до 65-67% заболеваний этой группы составляют ОКИ неуточненной этиологии. Если возбудитель инфекции неизвестен, эффективность противоэпидемических мероприятий ограничивается. Соотношение частоты выявления вирусных и бактериальных патогенов варьируется в разных возрастах: у детей до 3 лет на долю вирусных агентов приходится 80-90% заболеваний, на долю бактериальных – 10-20%; среди взрослых пациентов доля вирусных возбудителей снижается до 30%.

Shigella species и Esherichia coli – грамотрицательные палочковидные микроорганизмы из семейства энтеробактерий. К роду Shigella относятся патогенные бактерии S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii и S. sonnei, которые являются возбудителями шигеллеза (бактериальной дизентерии). Энтероинвазивные E. coli (EIEC) очень близки с шигеллами, синтезируют и выделяют шигеллоподобный токсин, способны проникать в клетки слизистой кишечника и разрушать энтероциты, что приводит к образованию язвенных дефектов в слизистой кишечника. За значительную часть случаев “бактериологически неподтвержденной дизентерии”, особенно у детей, ответственен энтероинвазивный эшерихиоз.

Бактерии рода Salmonella относятся к семейству энтеробактерий. S. typhi и S. parathyphi являются возбудителями брюшного тифа и паратифа. Существует множество серовариантов Salmonella species, способных вызвать у человека инфекцию по типу гастроэнтероколита, а также стать причиной внутрибольничных инфекций. Сальмонеллез может протекать в форме острой кишечной инфекции, тяжелой генерализированной инфекции или бессимптомного носительства. Окончательный диагноз ставится только после выделения возбудителя или обнаружения его ДНК.

Кампилобактерии являются одними из наиболее сложных для культивирования (которое требуется в ходе анализа) микроорганизмов. Это объясняется их микроаэрофильностью и возможностью подавления их роста сопутствующей флорой. Род кампилобактерий объединяет как возбудителей ОКИ (термофильные виды), так и сапрофитные и условно-патогенные виды, о чем необходимо помнить при выявлении этих микроорганизмов в клиническом материале. Применение наборов на основе ПЦР для определения термофильной группы кампилобактерий позволяет не только избежать трудоемкой и высокозатратной бактериологической работы, но и четко ограничить детекцию тех видов кампилобактерий, которые имеют этиологическую связь с острой кишечной инфекцией (С. jejuni, C. coli, C. lari, C. upsaliensis).

В соответствии с данными зарубежной литературы, норовирус – наиболее частый возбудитель вспышек ОКИ небактериальной этиологии. Эта особенность связана с низкой инфицирующей дозой и высокой устойчивостью в окружающей среде. ПЦР является “золотым стандартом” в клинической диагностике норовирусных инфекций.

Несмотря на несколько меньшую в сравнении с рота- и норовирусами распространенность, астровирусы составляют значительный пласт кишечных инфекций, у трети пациентов протекающий с явлениями колита. Ротавирусы группы А являются наиболее частой причиной спорадических заболеваний ОКИ у детей, а ДНК-содержащий аденовирус F (серотипы 40 и 41) нередко вызывает вспышки гастроэнтеритов у детей младшего возраста.

Для выявления и дифференциальной диагностики кишечных инфекций используются культуральные и молекулярно-генетические методы исследования генетического материала возбудителя в кале и определение концентрации специфических иммуноглобулинов в крови. ПЦР обладает преимуществом перед культуральными методами благодаря быстрому получению результатов, высокой специфичности и чувствительности исследования. Данный анализ позволяет со 100-процентной точностью определить возбудителя кишечного заболевания, а быстрая диагностика острых кишечных инфекций помогает избежать лишних процедур и оперативных вмешательств, своевременно начать лечение и ограничить очаг распространения инфекции.

Для чего используется исследование?

Для установления этиологического фактора острой кишечной инфекции;
для дифференциальной диагностики причин острого гастроэнтероколита (воспаления ЖКТ).

Когда назначается исследование?

При симптомах острого гастроэнтерита, вероятно, инфекционной этиологии (жидкий частый стул, рвота, лихорадка, боли в животе);
при одновременном или последовательном развитии ОКИ у нескольких членов семьи, у детей в детском учреждении или пациентов в стационаре;
при подозрении на развитие внутрибольничной кишечной инфекции (при обострении симптомов энтероколита у пациента, находящегося на лечении по поводу ОКИ).

Что означают результаты?

Референсные значения: отрицательно.

Причины положительного результата:

присутствие ДНК или РНК возбудителя ОКИ; этиология в зависимости от выявленного вида возбудителя (Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus).

Причины отрицательного результата:

отсутствие инфицирования Shigella spp., E. coli (EIEC), Salmonella spp., Campylobacter spp., Adenovirus F, Rotavirus A, Norovirus (2-й генотип), Astrovirus.

Важные замечания

Рекомендуется проводить исследование в первые 3 суток с начала заболевания, у госпитализированных пациентов – в первый день госпитализации.
Важно помнить, что острый энтероколит может быть обусловлен и другими инфекциями (например, амебами, лямблиями, иерсиниями, клостридиями, протеями и др.) или неинфекционными причинами (токсинами, ядовитыми веществами, острой непроходимостью кишечника, тромбозом сосудов брыжейки, воспалительными заболеваниями кишечника, острым панкреатитом, аппендицитом, целиакией, острым гепатитом, мальабсорбцией, дивертикулитом).

Также рекомендуется

Yersinia pseudotuberculosis, ДНК [ПЦР]
anti-Shigella flexneri 1-5, anti-Shigella flexneri 6, anti-Shigella sonnei
Посев кала на патогенную флору (диз. группа и тифо-паратифозная группа)
Посев кала на условно-патогенную флору с определением чувствительности к антибиотикам
Анализ кала на цисты простейших
Копрограмма
Общий анализ крови (без лейкоцитарной формулы и СОЭ)
Лейкоцитарная формула
Скорость оседания эритроцитов (СОЭ)

Кто назначает исследование?

Инфекционист, гастроэнтеролог, терапевт, педиатр.

Литература

Борисов Л. Б. Медицинская микробиология, вирусология, иммунология. М.: МИА, 2005. – 736 с.
Gómez-Duarte O., Bai J., Newel E. Detection of E. coli, Salmonella spp., Shigella spp., Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, and Campylobacter spp. enteropathogens by Three-reaction Multiplex PCR. Diagn Microbiol Infect Dis. 2009 January; 63(1): 1-9. PMCID: PMC2701628.

Источник