Митохондрии отсутствуют в клетках кишечной палочки
Общепринятая на данный момент теория симбиогенеза предполагает, что митохондрии в эукариотических клетках произошли от симбиотических бактерий. Однако поиски предковой бактерии и реконструкция событий симбиогенеза еще далеки от завершения. Авторы новой статьи в журнале PNAS подошли к проблеме с другого конца: они смоделировали симбиогенез на примере хорошо изученной бактерии (Escherichia coli) и хорошо изученной эукариотической клетки (Saccharomyces cerevisiae). Теперь у нас есть отработанная методика получения химерных клеток, с помощью которой можно проверять, какие именно свойства предковой бактерии были необходимы для симбиогенеза.
Теория симбиогенеза была предложена в 1967 году. Согласно ей, археи и протеобактерии вступили в эндосимбиоз (первые тем или иным способом «поглотили» вторых), что привело к возникновению эукариот (см.: Теория симбиогенеза 50 лет спустя: параллельной эукариотизации, скорее всего, не было, «Элементы», 22.11.2017). За 50 лет удалось уточнить разные детали: судя по всему, эндосимбиоз с предками митохондрий произошел только один раз, а не в нескольких параллельных ветвях, и это стало конечным этапом в становлении эукариот (см.: Генеалогия белков свидетельствует о позднем приобретении митохондрий предками эукариот, «Элементы», 08.02.2016). Однако вопросов всё еще остается немало: например, что это была за предковая бактерия? Одна из распространенных точек зрения заключается в том, что изначально бактерии паразитировали на клетках архей, а потом паразитизм перешел в симбиоз. В таком случае, ближайшие родственники такой бактерии, известные нам, — это альфапротеобактерии риккетсии, внутриклеточные паразиты многих животных и человека (вызывают, например, эпидемический сыпной тиф и пятнистую лихорадку Скалистых гор).
Можно продолжать поиск родственников «с конца», то есть сравнивать геномы современных митохондрий с геномами различных бактерий и искать пересечения, а можно зайти «с начала» и попробовать воспроизвести эту предковую бактерию самим. Для этого нужно определить минимальный набор свойств, которыми она должна обладать для успешного внедрения внутрь археи. Заодно такой метод мог бы пролить свет на последовательность событий симбиогенеза. Но коль скоро мы не умеем создавать бактерии с нуля, можно модифицировать самую изученную бактерию на свете — кишечную палочку (Escherichia coli).
Общий принцип, которым руководствовались авторы эксперимента, можно сформулировать так: чтобы заставить две клетки вступить в симбиоз, нужно отобрать у них что-то жизненно важное, тогда их существование по отдельности станет невозможно (рис. 2).
Всю работу можно условно разделить на пять шагов.
Шаг 1 — лишить кишечную палочку самодостаточности. Чтобы эндосимбиоз оказался выгодным решением для бактерии, она должна стать ауксотрофом — быть неспособной производить какое-нибудь жизненно необходимое вещество. Для многих бактерий таким веществом является тиамин (витамин B1) — кофермент в реакциях углеводного обмена. Поэтому в геноме E. coli ген биосинтеза тиамина был заменен на кассету (см. Gene cassette) с GFP (зеленым флуоресцентным белком) и геном устойчивости к антибиотику канамицину. Теперь клетки не могут выживать без внешнего источника тиамина (который они сквозь мембрану закачивают внутрь), их можно отобрать под действием антибиотика и отследить во флуоресцентный микроскоп.
Шаг 2 — сделать кишечную палочку полезной. Авторы гипотезы происхождения митохондрии из внутриклеточных паразитов полагают, что одним из ключевых белков был АТФ/АДФ-антипортер (см. Antiporter). Это белок-переносчик, который обменивает АТФ на АДФ, меняя их местами по разные стороны мембраны. У паразитической бактерии он должен работать на благо бактерии: захватывать АТФ снаружи (то есть отбирать у клетки-хозяина) и менять на отработанные АДФ бактерии. Однако этот механизм можно заставить работать и в обратную сторону, если концентрации веществ поменяются местами. При этом бактерия начнет забирать АДФ из цитоплазмы хозяина и отдавать АТФ. Так или иначе, АДФ/АТФ-антипортеры есть как у современных митохондрий, так и у внутриклеточных паразитов. У свободно живущей кишечной палочки такого белка нет, поэтому пришлось снабдить клетки E. coli плазмидой с соответствующим геном.
Шаг 3 — лишить дрожжи самодостаточности. Чтобы заставить дрожжи вступить в симбиоз, их нужно лишить энергии, то есть АТФ. Тогда единственным выходом будет получить его от кишечной палочки. Но у дрожжей, как у почти всех эукариот, есть свои митохондрии. Поэтому авторы эксперимента взяли мутантный штамм дрожжей, лишенный одного из ключевых митохондриальных генов. Такие клетки содержат митохондрии, но не получают от них энергии. Они не могут расти в среде, где из питательных веществ есть только глицерин. Однако оказалось, что и в симбиоз с E. coli они тоже не вступают.
Шаг 4 — добавить «белки слияния». Эукариотическая клетка — это множество вложенных друг в друга мембранных пузырьков. Чтобы органеллы хаотично не сливались друг с другом, мембраны покрыты белками группы SNARЕ, которые могут стимулировать или блокировать слияние. Многие патогенные бактерии тоже несут SNARE-подобные белки. Клетка-хозяин воспринимает их как собственные органеллы и не переваривает (то есть с ними не сливаются лизосомы). Правда, мы пока не уверены в том, что к моменту эндосимбиоза эукариоты уже обладали системой этих белков. Но коль скоро мы работаем с дрожжами, приходится на нее ориентироваться. Авторы эксперимента ввели кишечной палочке гены трех разных SNARE-подобных белков, позаимствованных у хламидий. И только после этого они получили устойчивые колонии дрожжей с симбиотическими E. coli (рис. 3). Колонии росли на среде, богатой глицерином, лишенной тиамина и с добавлением антибиотика канамицина, — то есть удовлетворяли всем условиям эксперимента. В том же составе химерные клетки размножались в течение последующих трех дней культивирования, что соответствует примерно 40 делениям.
Шаг 5 — убрать лишнее. В ходе эволюции митохондрия утратила большую часть ДНК (у млекопитающих, например, в ее геноме осталось лишь 37 генов). Это значит, что она становилась всё более зависимой от своей клетки-хозяина. Авторы обсуждаемой статьи попробовали воспроизвести и этот этап тоже. Для этого они удалили у клеток кишечной палочки ген биосинтеза НАД+ — еще одного важного кофермента. Клетки, лишенные НАД+, так же как и их предшественники, лишенные тиамина, успешно образовывали химеры с дрожжами. И даже двойные мутанты, неспособные производить ни один из этих коферментов, также вступали в эндосимбиоз (рис. 4).
Перед нами — отработанная методика, с помощью которой можно моделировать ранние события эндосимбиоза. Клетки кишечной палочки, дефицитные по разным веществам, равно хорошо образуют химеры, которые воспроизводятся из поколения в поколение. Следующий шаг — поиск предельной редукции генома E. coli, возможной в данной ситуации. Авторы статьи отмечают, что удаление всего двух путей биосинтеза уже дало экономию в 7,7 тысяч пар нуклеотидов (для сравнения, весь митохондриальный геном человека составляет примерно 15 тысяч пар). Поэтому нам еще предстоит найти ту грань, на которой экономия размера генома столкнется с возможностью выживания клетки-симбионта.
Кроме того, как ехидно указывают авторы в конце текста, при таком раскладе не очень понятно, кто в этой истории настоящий паразит. Если бактерия, попавшая внутрь археи, лишь постепенно утрачивала свои метаболические пути, то возможно настоящим паразитом здесь стоит считать архею, которая потребляла энергию, производимую бактерией.
Источник: A. P. Mehta, L. Supekova, J.-H. Chen, K. Pestonjamasp, P. Webster, Y. Ko, S. C. Henderson, G. McDermott, F. Supeke, P. G. Schultz. Engineering yeast endosymbionts as a step toward the evolution of mitochondria // PNAS. Published ahead of print October 29, 2018. DOI: 10.1073/pnas.1813143115.
Полина Лосева
Источник
Аттестационные материалы
для проведения промежуточной аттестации
по биологии в 9 классе
Тест
1 вариант
ЧАСТЬ А. Задания с выбором одного верного ответа.
А1. Какая наука изучает ископаемые остатки вымерших организмов?
А) систематика В) эмбриология
Б) генетика Г) палеонтология
А2. Какое свойство характерно для живых тел природы – организмов, в отличие от объектов неживой природы?
А) ритмичность В) движение
Б) раздражимость Г) рост
А3. Какая из последовательностей понятий отражает основные уровни организации живой природы?
А) Организменный – клеточный – молекулярный – популяционно-видовой – экосистемный
Б) Молекулярный – клеточный– организменный – популяционно-видовой – экосистемный
В) Популяционно-видовой – клеточный – организменный – экосистемный – молекулярный
Г) Молекулярный – клеточный– организменный – экосистемный – популяционно-видовой
А4. Мономерами нуклеиновых кислот являются
А) аминокислоты В) нуклеотиды
Б) глюкоза Г) жирные кислоты
А5. Транспортной системой клетки является
А) лизосомы В) хлоропласты
Б) митохондрии Г) эндоплазматическая сеть
А6. Митохондрии отсутствуют в клетках
А) рыбы-попугая В) городской ласточки
Б) мха кукушкина льна Г) бактерии стафилококка
А7. В ядре клетки листа томата 24 хромосомы. Сколько хромосом будет в ядре клетки корня томата после ее деления?
А) 12 Б) 24 В) 36 Г) 48
А8. Молекулы АТФ выполняют в клетке функцию
А) защиты от антител В) катализатор реакции
Б) транспорта веществ Г) аккумулятора энергии
А9. К эукариотам относится
А) кишечная палочка В) амеба
Б) холерный вибрион Г) стрептококк
А10. Какие гены проявляют свое действие в первом гибридном поколении?
А) аллельные В) доминантные
Б) рецессивные Г) сцепленные
А11. Регулярные занятия физической культурой способствовали увеличению икроножной мышцы школьников. Это изменчивость
А) мутационная В) генотипическая
Б) модификационная Г) комбинативная
А12. Наследственная изменчивость, борьба за существование и естественный отбор – это
А) свойства живой природы В) результаты эволюции
Б) движущие силы эволюции Г) основные направления эволюции
А13. Что из перечисленного является примером природного сообщества?
А) березовая роща В) крона берез
Б) отдельная береза в лесу Г) пашня
А14. Какую роль в экосистеме играют организмы – разрушители органических веществ?
А) паразитируют на корнях растений
Б) устанавливают симбиотические связи с растениями
В) синтезируют органические вещества из неорганических
Г) превращают органические вещества в минеральные
А15. Какая из приведенных пищевых цепей составлена правильно?
А) пеночка-трещотка→ жук-листоед→ растение→ ястреб
Б) жук-листоед→ растение→ пеночка-трещотка→ ястреб
В) пеночка-трещотка→ ястреб→ растение→ жук-листоед
Г) растение→ жук-листоед→ пеночка трещотка→ ястреб
ЧАСТЬ B.
В1. Укажите черты строения и жизнедеятельности, которые отсутствуют у прокариот
А) многоклеточность
Б) диплоидность набора хромосом
В) клеточная стенка
Г) способность к обмену веществ
Д) деление мейозом
Е) способность к питанию.
В2. Установите соответствие между химическими веществами и их признаками
Вещества | Признаки |
А. Углеводы Б. Белки | 1. Являются регулярными полимерами 2. Основная функция – энергетическая 3. Синтезируются на рибосомах 4. Мономерами являются аминокислоты 5. Выполняют каталитическую функцию 6. Мономерами являются моносахариды |
В3. Установите последовательность биологических структур , начиная с самой маленькой.
В ответе запишите соответствующую последовательность букв.
А) ядро
Б) кодон
В) ген
Г) хромосома
Д) нуклеотид
ЧАСТЬ С.
Дайте развернутый ответ на вопрос:
Почему пищевые цепи не могут быть очень длинными?
Аттестационные материалы
для проведения промежуточной аттестации
по биологии в 9 классе
Тест
2 вариант
ЧАСТЬ А. . Задания с выбором одного верного ответа
А1. Какая наука изучает химический состав, строение и процессы жизнедеятельности клетки?
А) экология В) цитология
Б) физиология Г) анатомия
А2. Какое свойство характерно для живых тел природы – организмов, в отличие от объектов неживой природы?
А) ритмичность В) движение
Б) рост Г) обмен веществ и энергии
А3. Какая из последовательностей понятий отражает основные уровни организации организма, как единой системы?
А) Система органов – органы – ткани – клетка – молекулы – организм – клетки
Б) Орган – ткани – организм – клетки – молекулы – системы органов
В) Молекулы – ткани – клетки – органы – системы органов – организм
Г) Молекулы – клетки – ткани – органы – системы органов – организм
А4. Мономерами белков являются
А) глюкоза и фруктоза В) жирные кислоты
Б) нуклеотиды Г) аминокислоты
А5. Переваривание пищевых частиц и удаление непереваренных остатков происходит в клетке с помощью
А) аппарата Гольджи В) лизосом
Б) эндоплазматической сети Г) рибосом
А6. Одну кольцевую хромосому, расположенную в цитоплазме, имеют
А) одноклеточные водоросли В) вирусы
Б) одноклеточные животные Г) бактерии
А7. Сохранение наследственной информации материнской клетки у дочерних клеток происходит в результате
А) митоза В) мейоза
Б) оплодотворения Г) деления цитоплазмы
А8. Биохимические реакции, протекающие в организме, ускоряются
А) пигментами В) тормозами
Б) ферментами Г) витаминами
А9. К организмам, в клетках которых имеется оформленное ядро, относят
А) сыроежку В) вирус кори
Б) сенную палочку Г) возбудителя туберкулеза
А10. Как назвал Г. Мендель признаки, не проявляющиеся у гибридов первого поколения?
А) гетерозиготными В) гомозиготными
Б) рецессивными Г) доминантными
А11. Под действием ультрафиолетовых лучей у человека появляется загар. Это изменчивость
А) мутационная В) модификационная
Б) генотипическая Г) комбинативная
А12. Выберете утверждение, правильно отражающее взгляды Ч. Дарвина на причины эволюции: в основе разнообразия видов лежит
А) приспособленность организмов к условиям среды В) единовременный акт творения
Б) способность к неограниченному размножению Г) наследственная изменчивость и
естественный отбор
А13. Биогеоцеоз –это совокупность взаимосвязанных
А) организмов одного вида В) животных одной популяции
Б) компонентов живой и неживой природы Г) совместно обитающих организмов
разных видов
А14. К редуцентам, как правило, относятся
А) низшие растения В) беспозвоночные животные
Б) грибы и бактерии Г) вирусы
А15. Какая цепь питания правильно отражает передачу в ней энергии?
А) лисица→ дождевой червь→ землеройка→ листовой опад
Б) листовой опад→ дождевой червь→ землеройка→ лисица
В) землеройка→ дождевой червь→ листовой опад→ лисица
Г) землеройка→ лисица→ дождевой червь→ листовой опад
ЧАСТЬ B.
В1.Укажите признаки, характерные для процесса фотосинтеза
А) Протекает в хлоропластах
Б) Характерен для всех живых организмов
В) Синтезируются органические вещества
Г) Необходим газ кислород
Д) Протекает только на свету
Е) Высвобождается энергия
В2. Установите соответствие между химическими веществами и их признаками
Вещества | Признаки |
А. Нуклеиновые кислоты Б. Липиды | 1. Несут генетическую информацию 2. Выполняют теплоизоляционную функцию 3. Находятся в ядре клетки 4. Мономерами являются нуклеотиды 5. В состав входит глицерин 6. Входят в состав многих гормонов |
В3. Установите последовательность биологических систем в порядке усложнения их организации. В ответе запишите соответствующую последовательность букв
А) биоценоз
Б) популяция
В) клетка
Г) многоклеточный организм
Д) биосфера
ЧАСТЬ С.
Дайте развернутый ответ на вопрос:
Чем искусственный биоценоз отличается от естественного? ( назовите не менее 3 отличий)
Тест
для проведения промежуточной аттестации
по биологии в 9 классе
Ответы
1 вариант
Часть А
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 |
Г | Б | Б | В | Г | Г | Б | Г | В | В | Б | Б | А | Г | Г |
Часть В
В1- А,Б,Д
В2 – А-1,2,6
Б-3,4,5
В3 – Д,Б,В,Г,А
ЧастьС
В цепях питания с переходом с одного трофического уровня на другой идет потеря вещества и энергии, на каждый последующий уровень переходит лишь 10% от предыдущего ( Правило экологической пирамиды), т.о., к 4-уровню веществ почти не остается, и цепочка прерывается.
2 вариант
Часть А
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | 14 | 15 |
В | Г | Г | Г | В | Г | А | Б | А | Б | В | Г | Б | Б | Б |
Часть В
В1- А,В,Д
В2 –А-1,3,4
Б-2,5,6
В3 – В,Г,Б,А,Д
Часть С
1. Неполный круговорот веществ,
2. Видовой состав, определяемый человеком в агроценозе
3.Дополнительные к Солнцу источник и энергии ( удобрения, механизма)
4. Короткие пищевые цепи
5. Обязательное участие человека и т.д
Оценка
Часть А – 1 балл за каждый ответ – макс. 15 б.
Часть В – 2 б за правильный ответ, 1 б – если есть одна ошибка, 0 б- две и более ошибки- макс 6 б
Часть С – 3 б
Макс балл за всю работу – 24
«5» -19 -24 б
«4» -15-18 б
«3» – 10-14б
«2» – 9 и менее
Источник
Американские биологи заставили кишечную палочку поселиться внутри клеток дрожжей и выполнять функции сломанных митохондрий. Результаты эксперимента, который имитирует ранние этапы эволюции митохондрий, описаны в статье, опубликованной в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences.
Митохондрия — важнейшая органелла клеток человека, а заодно и практически всех других эукариотических организмов, главная энергетическая станция клетки. На ней углеводы окисляются под воздействием кислорода, а выделившаяся при этом энергия запасается впрок. Из цитоплазмы туда поступают «разряженные» клеточные «батарейки» — молекулы АДФ. Там они «заряжаются», превращаясь в молекулы АТФ, покидают митохондрию и используются дальше на нужды клетки.
Еще в начале XX века ученые заметили, что митохондрии (и хлоропласты растений) удивительно похожи на бактерий, а в 1970-х годах Линн Маргулис и ее последователи свели сведения об этом в теорию эндосимбиоза. Согласно ей, все митохондрии были раньше свободноживущими бактериями, способными очень эффективно перерабатывать углеводы при помощи кислорода, а потом попали внутрь предковой эукариотической клетки. По каким-то причинам они не были переварены, как это обычно происходит, а остались целы. Клетка-хозяин предоставила им укрытие, стала снабжать разными необходимыми веществами, а симбионты, в свою очередь, стали снабжать клетку энергией.
С того момента бывшая свободноживущая бактерия сильно видоизменилась и настолько приспособилась к жизни внутри клетки, что теперь считается ее частью. Например, в митохондриях осталась лишь короткая ДНК с самым базовым набором генов, тогда как большая их часть исчезла за ненадобностью или переехала жить в ядерный геном. Поскольку симбиоз случился довольно давно — больше полутора миллиардов лет назад, — разобраться в ранних этапах со-настройки предков эукариот и их митохондрий времена довольно сложно. В основном это делается при помощи реконструкции на основе современных митохондрий.
Ангад Мехта (Angad Mehta) из Института Скриппс и его коллеги из нескольких калифорнийских институтов подошли к решению этого вопроса с неожиданной стороны. Они предложили создать для исследований синтетическую модель свежего эндосимбиоза бактерий и эукариот, «подружив» два современных свободноживущих организма: дрожжи (Saccharomyces cerevisiae) и кишечную палочку (Escherichia coli). Для получения корректной и жизнеспособной модели оказалось необходимым правильно подготовить встречу потенциальных симбионтов.
Для начала клетки дрожжей «заинтересовали» в симбиозе. Поскольку у современных эукариот уже есть митохондрии, исследователи попытались их «отключить». Для эксперимента сперва взяли клетки дрожжей, у которых вообще не было митохондриальной ДНК. Поскольку в ней закодировано все самое нужное для работы митохондрий, то такие клетки жили очень плохо и только на специальной питательной среде, не требующей переработки углеводов митохондриями. Кроме этого, ученые взяли дрожжи, в которых митохондрии были покалечены чуть меньше — в них испортили всего один, но важный ген cox2.
В пару к дрожжам была подобран симбионт — такой, в присутствие которого которого эти поломки бы компенсировались. Кишечная палочка Esherichia coli — модельная бактерия в биологии — относительно близкий родственник предков митохондрий. Тем не менее, ее тоже пришлось адаптировать чтобы научить дорожить дружбой с дрожжами. Во-первых, ей сломали путь биосинтеза тиамина (он же витамин B1). Теперь она могла расти только в среде, в которой он есть, например с дрожжами. Во-вторых, её заставили делиться энергией с потенциальным хозяином. В качестве аккумуляторов энергии клетки используют АТФ, и в нормальных эукариотических клетках в мембрану митохондрии встроен транспортер, который позволяет АТФ проходить из митохондрии в цитоплазму, а молекулам АДФ («разряженный аккумулятор») обратно. У кишечной палочки такого транспортера не предусмотрено, и поэтому его пришлось вставить его из другой бактерии. Помимо того, кишечной палочке добавили ген зеленого флуоресцентного белка чтобы бактерию было легко различить с помощью микроскопии.
После того, как организмы были подготовлены ко встрече друг с другом, их посадили вместе, и дальше, чтобы отобрать варианты с удачным симбиозом, начали растить на среде, для переработки которой дрожжам бы понадобилась помощь кишечных палочек. Оказалось, что дрожжи без митохондриальной ДНК не выживают в таких условиях, а дрожжи с выключенным cox2 геном образуют очень маленькое число колоний. По идее, эти колонии могли выжить за счет бактерий, которые их окружали, и не формировать эндосимбиоз. Чтобы учесть такой вариант, исследователи пересадили эти колонии на среду, в которой не могут расти отдельно ни дрожжи, ни кишечные палочки (без тиамина и без альтернативных источников энергии). Оказалось, что в таких условиях не выжил никто.
Чтобы еще больше увеличить вероятность удачного симбиоза, исследователи решили повлиять на способность бактерий не перевариваться внутри дрожжей. У патогенных бактерий есть для этой цели специальные SNARE-подобные белки. Они помогают манипулировать везикулярным транспортом хозяина и избежать попадания в лизосому — «желудок клетки». Кишечную палочку, которая к этому моменту уже синтезировали флуоресцентный белок и светилась зеленым светом, не росла без тиамина и могла выпускать АТФ наружу клетки, исследователи наделили вдобавок SNARE-подобными генами из патогенной хламидии, и повторили эксперимент еще раз. На этот раз было обнаружено много химерных организмов из дрожжевой клетки с бактериями внутри, которые поддерживались на протяжении нескольких поколений. Чтобы полностью исключить возможность внешнего симбиоза, исследователи добавили в среду антибиотик, но и в этом случае колонии химер не исчезали даже после нескольких раундов пересаживания со среды на среду.
Авторы статьи считают, что подобная синтетическая модель эндосимбиоза позволит лучше разобраться в том, как происходила коэволюция митохондрии и эукариотической клетки, в том числе — как уменьшался бактериальный геном (свободноживущая бактерия обычно имеет несколько тысяч разных генов, тогда как в геноме митохондрии их не больше ста). Например, они попробовали убрать из него еще один важный ген и оказалось, что химеры с такими кишечными палочками тоже вполне жизнеспособны.
Вера Мухина
Источник