Рнк в клетке кишечной палочки

Малая РНК Qrr, участвующая в регуляции чувства кворума у Vibrio cholerae

Ма́лые РНК бакте́рий (англ. Bacterial small RNAs) — небольшие некодирующие РНК длиной 50—250 нуклеотидов, содержащиеся в клетках бактерий. Как правило, малые РНК бактерий имеют сложную структуру и содержат несколько шпилек[1][2]. Многочисленные малые РНК были определены в клетках кишечной палочки, модельном патогене Salmonella, азотфиксирующей альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti[en], морских цианобактериях, возбудителе туляремии Francisella tularensis, патогене растений Xanthomonas oryzae[en] pathovar oryzae и других бактериях. Для поиска малых РНК в геноме бактерий использовали компьютерный анализ и различные лабораторные методы (нозерн-блот, секвенирование РНК, использование микрочипов)[3][4][5][6][7][8][9][10][11].

Происхождение[править | править код]

Большинство малых РНК бактерий кодируется свободно расположенными генами, локализованными в межгенных участках[en][5][6]. Однако известно, что некоторые малые РНК бактерий могут образовываться из 3′-нетранслируемой области мРНК путём независимой транскрипции или нуклеолитического разрезания[12]. Антисмысловые малые РНК могут рассматриваться как цис-кодируемые малые РНК, если существует перекрывание между геном антисмысловой РНК и геном-мишенью, или как транс-кодируемые малые РНК, если ген антисмысловой РНК и ген-мишень отделены друг от друга[1][13].

Функции[править | править код]

Малые РНК бактерий могут либо связывать белки-мишени и изменять их функции, либо мРНК-мишени и регулировать экспрессию генов. Как правило, они функционируют за счёт непосредственного спаривания оснований с РНК-мишенями. На этом основан принцип действия ряд быстрых и чувствительных методов для определения мишеней этих РНК, в частности CopraRNA[14][15], IntaRNA[15][16], TargetRNA[17] и RNApredator[18].

Действие на гены домашнего хозяйства[править | править код]

Среди мишеней малых РНК бактерий есть ряд генов, входящих в число генов домашнего хозяйства. Так, 6S РНК связывается с РНК-полимеразой и регулирует транскрипцию. Транспортно-матричная РНК участвует в синтезе белка, обеспечивая высвобождение рибосом, «зависших» на трансляции мРНК, лишённых стоп-кодона. 4,5S РНК задействована в регуляции частиц распознавания сигнала[en] (англ. signal recognition particle, SRP), необходимых для секреции белков. РНК, входящая в состав РНКазы Р[en], участвует в созревании тРНК[19][20].

Читайте также:  Кишечная палочка у детей 3 месяца

Ответ на стресс[править | править код]

Многие малые РНК бактерий задействованы в регуляции ответа на стресс[21]. Они экспрессируются в стрессовых условиях, например, в условиях холодового шока[en], недостатка железа, сахаров, в случае активации SOS-ответа[20]. При нехватке азота цианобактерии экспрессируют особую малую РНК — индуцированную азотным стрессом РНК 1 (англ. nitrogen stress-induced RNA 1, NsiR1)[22].

Регуляция экспрессии rpoS[править | править код]

Ген rpoS[en] у Escherichia coli кодирует белок сигма 38 — один из сигма-факторов РНК-полимеразы, который регулирует ответ на стрессовые условия и функционирует как транскрипционный регулятор многих генов, участвующих в адаптации клетки. Трансляцию сигма 38 регулируют по меньшей мере три малые РНК: DsrA, RprA и OxyS. DsrA и RprA активируют трансляцию, связываясь с лидерной последовательностью за счёт спаривания оснований и тем самым не давая образоваться шпильке, препятствующей связыванию рибосомы. OxyS, напротив, подавляет трансляцию. Уровень DsrA повышается в ответ на низкие температуры и осмотический стресс[en], уровень RprA — в ответ на осмотический стресс и стресс, связанный с поверхностью клетки, таким образом, в ответ на эти условия уровень сигма 38 повышается. Уровень OxyS увеличивается в ответ на окислительный стресс, поэтому в этих условиях экспрессия гена rpoS подавляется[20][23][24].

Регуляция белков внешней мембраны[править | править код]

Внешняя мембрана[en] у грамотрицательных бактерий служит барьером, препятствующим попаданию токсинов внутрь клетки, и играет ключевую роль в выживании бактерий в самых разнообразных условиях. В число белков внешней мембраны (англ. outer membrane proteins, OMPs) входят порины[en] и адгезины[en]. Экспрессия этих белков регулируется многочисленными малыми РНК. Порины OmpC и OmpF отвечают за транспорт метаболитов и токсинов через мембрану. Экспрессия этих двух белков регулируется малыми РНК MicC[en] и MicF[en] в ответ на стрессовые условия[25][26][27]. Белок внешней мембраны OmpA[en] прикрепляет внешнюю мембрану к муреиновому слою, расположенному в периплазматическом пространстве. Его экспрессия отрицательно регулируется в стационарной фазе роста. У E. coli уровень OmpA уменьшает малая РНК MicA[en], а у Vibrio cholerae синтез OmpA в ответ на стресс подавляется посредством малой РНК VrrA[en][25][28].

Читайте также:  Кишечная палочка это полезная бактерия

Вирулентность[править | править код]

У некоторых бактерий малые РНК регулируют гены вирулентности. У Salmonella островок патогенности[en] кодирует малую РНК InvR, которая подавляет синтез главного белка внешней мембраны[en] OmpD. Другая коактивируемая малая РНК, DapZ, подавляет синтез транспортёров олигопептидов Opp/Dpp, локализованных во внешней мембране[12]. Малая РНК SgrS регулирует экспрессию секретируемого эффекторного белка SopD[4]. У Staphylococcus aureus РНКIII регулирует ряд генов, участвующих в синтезе токсинов, ферментов и поверхностных белков. У Streptococcus pyogenes малые РНК FasX[en] и Pel кодируются локусами, ассоциированными с вирулетностью. Pel активирует синтез поверхностных и секретируемых белков[20].

Чувство кворума[править | править код]

У бактерий рода Vibrio малая РНК Qrr[en] и шаперон Hfq[en] участвуют в регуляции чувства кворума. Qrr регулирует синтез нескольких белков, в том числе основных регуляторов чувства кворума — LuxR и HapR[29][30].

Примечания[править | править код]

  1. 1 2 Vogel J., Wagner E. G. Target identification of small noncoding RNAs in bacteria. (англ.) // Current opinion in microbiology. — 2007. — Vol. 10, no. 3. — P. 262—270. — doi:10.1016/j.mib.2007.06.001. — PMID 17574901. [исправить]
  2. Viegas S. C., Arraiano C. M. Regulating the regulators: How ribonucleases dictate the rules in the control of small non-coding RNAs. (англ.) // RNA biology. — 2008. — Vol. 5, no. 4. — P. 230—243. — PMID 18981732. [исправить]
  3. Hershberg R., Altuvia S., Margalit H. A survey of small RNA-encoding genes in Escherichia coli. (англ.) // Nucleic acids research. — 2003. — Vol. 31, no. 7. — P. 1813—1820. — PMID 12654996. [исправить]
  4. 1 2 Vogel J. A rough guide to the non-coding RNA world of Salmonella. (англ.) // Molecular microbiology. — 2009. — Vol. 71, no. 1. — P. 1—11. — doi:10.1111/j.1365-2958.2008.06505.x. — PMID 19007416. [исправить]
  5. 1 2 Wassarman K. M., Repoila F., Rosenow C., Storz G., Gottesman S. Identification of novel small RNAs using comparative genomics and microarrays. (англ.) // Genes & development. — 2001. — Vol. 15, no. 13. — P. 1637—1651. — doi:10.1101/gad.901001. — PMID 11445539. [исправить]
  6. 1 2 Argaman L., Hershberg R., Vogel J., Bejerano G., Wagner E. G., Margalit H., Altuvia S. Novel small RNA-encoding genes in the intergenic regions of Escherichia coli. (англ.) // Current biology : CB. — 2001. — Vol. 11, no. 12. — P. 941—950. — PMID 11448770. [исправить]
  7. Rivas E., Klein R. J., Jones T. A., Eddy S. R. Computational identification of noncoding RNAs in E. coli by comparative genomics. (англ.) // Current biology : CB. — 2001. — Vol. 11, no. 17. — P. 1369—1373. — PMID 11553332. [исправить]
  8. Schlüter J. P., Reinkensmeier J., Daschkey S., Evguenieva-Hackenberg E., Janssen S., Jänicke S., Becker J. D., Giegerich R., Becker A. A genome-wide survey of sRNAs in the symbiotic nitrogen-fixing alpha-proteobacterium Sinorhizobium meliloti. (англ.) // BMC genomics. — 2010. — Vol. 11. — P. 245. — doi:10.1186/1471-2164-11-245. — PMID 20398411. [исправить]
  9. Axmann I. M., Kensche P., Vogel J., Kohl S., Herzel H., Hess W. R. Identification of cyanobacterial non-coding RNAs by comparative genome analysis. (англ.) // Genome biology. — 2005. — Vol. 6, no. 9. — P. 73. — doi:10.1186/gb-2005-6-9-r73. — PMID 16168080. [исправить]
  10. Postic G., Frapy E., Dupuis M., Dubail I., Livny J., Charbit A., Meibom K. L. Identification of small RNAs in Francisella tularensis. (англ.) // BMC genomics. — 2010. — Vol. 11. — P. 625. — doi:10.1186/1471-2164-11-625. — PMID 21067590. [исправить]
  11. Liang H., Zhao Y. T., Zhang J. Q., Wang X. J., Fang R. X., Jia Y. T. Identification and functional characterization of small non-coding RNAs in Xanthomonas oryzae pathovar oryzae. (англ.) // BMC genomics. — 2011. — Vol. 12. — P. 87. — doi:10.1186/1471-2164-12-87. — PMID 21276262. [исправить]
  12. 1 2 Chao Y., Papenfort K., Reinhardt R., Sharma C. M., Vogel J. An atlas of Hfq-bound transcripts reveals 3′ UTRs as a genomic reservoir of regulatory small RNAs. (англ.) // The EMBO journal. — 2012. — Vol. 31, no. 20. — P. 4005—4019. — doi:10.1038/emboj.2012.229. — PMID 22922465. [исправить]
  13. Cao Y., Wu J., Liu Q., Zhao Y., Ying X., Cha L., Wang L., Li W. sRNATarBase: a comprehensive database of bacterial sRNA targets verified by experiments. (англ.) // RNA (New York, N.Y.). — 2010. — Vol. 16, no. 11. — P. 2051—2057. — doi:10.1261/rna.2193110. — PMID 20843985. [исправить]
  14. Wright P. R., Richter A. S., Papenfort K., Mann M., Vogel J., Hess W. R., Backofen R., Georg J. Comparative genomics boosts target prediction for bacterial small RNAs. (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. — 2013. — Vol. 110, no. 37. — P. 3487—3496. — doi:10.1073/pnas.1303248110. — PMID 23980183. [исправить]
  15. 1 2 Wright P. R., Georg J., Mann M., Sorescu D. A., Richter A. S., Lott S., Kleinkauf R., Hess W. R., Backofen R. CopraRNA and IntaRNA: predicting small RNA targets, networks and interaction domains. (англ.) // Nucleic acids research. — 2014. — Vol. 42. — P. 119—123. — doi:10.1093/nar/gku359. — PMID 24838564. [исправить]
  16. Busch A., Richter A. S., Backofen R. IntaRNA: efficient prediction of bacterial sRNA targets incorporating target site accessibility and seed regions. (англ.) // Bioinformatics. — 2008. — Vol. 24, no. 24. — P. 2849—2856. — doi:10.1093/bioinformatics/btn544. — PMID 18940824. [исправить]
  17. Tjaden B., Goodwin S. S., Opdyke J. A., Guillier M., Fu D. X., Gottesman S., Storz G. Target prediction for small, noncoding RNAs in bacteria. (англ.) // Nucleic acids research. — 2006. — Vol. 34, no. 9. — P. 2791—2802. — doi:10.1093/nar/gkl356. — PMID 16717284. [исправить]
  18. Eggenhofer F., Tafer H., Stadler P. F., Hofacker I. L. RNApredator: fast accessibility-based prediction of sRNA targets. (англ.) // Nucleic acids research. — 2011. — Vol. 39. — P. 149—154. — doi:10.1093/nar/gkr467. — PMID 21672960. [исправить]
  19. Wassarman K. M. 6S RNA: a small RNA regulator of transcription. (англ.) // Current opinion in microbiology. — 2007. — Vol. 10, no. 2. — P. 164—168. — doi:10.1016/j.mib.2007.03.008. — PMID 17383220. [исправить]
  20. 1 2 3 4 Christian Hammann; Nellen, Wolfgang. Small RNAs:: Analysis and Regulatory Functions (Nucleic Acids and Molecular Biology) (англ.). — Berlin: Springer, 2005. — ISBN 3-540-28129-0.
  21. Caswell C. C., Oglesby-Sherrouse A. G., Murphy E. R. Sibling rivalry: related bacterial small RNAs and their redundant and non-redundant roles. (англ.) // Frontiers in cellular and infection microbiology. — 2014. — Vol. 4. — P. 151. — doi:10.3389/fcimb.2014.00151. — PMID 25389522. [исправить]
  22. Ionescu D., Voss B., Oren A., Hess W. R., Muro-Pastor A. M. Heterocyst-specific transcription of NsiR1, a non-coding RNA encoded in a tandem array of direct repeats in cyanobacteria. (англ.) // Journal of molecular biology. — 2010. — Vol. 398, no. 2. — P. 177—188. — doi:10.1016/j.jmb.2010.03.010. — PMID 20227418. [исправить]
  23. Repoila F., Majdalani N., Gottesman S. Small non-coding RNAs, co-ordinators of adaptation processes in Escherichia coli: the RpoS paradigm. (англ.) // Molecular microbiology. — 2003. — Vol. 48, no. 4. — P. 855—861. — PMID 12753181. [исправить]
  24. Benjamin J. A., Desnoyers G., Morissette A., Salvail H., Massé E. Dealing with oxidative stress and iron starvation in microorganisms: an overview. (англ.) // Canadian journal of physiology and pharmacology. — 2010. — Vol. 88, no. 3. — P. 264—272. — doi:10.1139/Y10-014. — PMID 20393591. [исправить]
  25. 1 2 Vogel J., Papenfort K. Small non-coding RNAs and the bacterial outer membrane. (англ.) // Current opinion in microbiology. — 2006. — Vol. 9, no. 6. — P. 605—611. — doi:10.1016/j.mib.2006.10.006. — PMID 17055775. [исправить]
  26. Delihas N., Forst S. MicF: an antisense RNA gene involved in response of Escherichia coli to global stress factors. (англ.) // Journal of molecular biology. — 2001. — Vol. 313, no. 1. — P. 1—12. — doi:10.1006/jmbi.2001.5029. — PMID 11601842. [исправить]
  27. Chen S., Zhang A., Blyn L. B., Storz G. MicC, a second small-RNA regulator of Omp protein expression in Escherichia coli. (англ.) // Journal of bacteriology. — 2004. — Vol. 186, no. 20. — P. 6689—6697. — doi:10.1128/JB.186.20.6689-6697.2004. — PMID 15466019. [исправить]
  28. Song T., Wai S. N. A novel sRNA that modulates virulence and environmental fitness of Vibrio cholerae. (англ.) // RNA biology. — 2009. — Vol. 6, no. 3. — P. 254—258. — PMID 19411843. [исправить]
  29. Lenz D. H., Mok K. C., Lilley B. N., Kulkarni R. V., Wingreen N. S., Bassler B. L. The small RNA chaperone Hfq and multiple small RNAs control quorum sensing in Vibrio harveyi and Vibrio cholerae. (англ.) // Cell. — 2004. — Vol. 118, no. 1. — P. 69—82. — doi:10.1016/j.cell.2004.06.009. — PMID 15242645. [исправить]
  30. Bardill J. P., Zhao X., Hammer B. K. The Vibrio cholerae quorum sensing response is mediated by Hfq-dependent sRNA/mRNA base pairing interactions. (англ.) // Molecular microbiology. — 2011. — Vol. 80, no. 5. — P. 1381—1394. — doi:10.1111/j.1365-2958.2011.07655.x. — PMID 21453446. [исправить]

Литература[править | править код]

  • Brantl S., Jahn N. sRNAs in bacterial type I and type III toxin-antitoxin systems. (англ.) // FEMS microbiology reviews. — 2015. — Vol. 39, no. 3. — P. 413—427. — doi:10.1093/femsre/fuv003. — PMID 25808661. [исправить]
  • Miyakoshi M., Chao Y., Vogel J. Regulatory small RNAs from the 3′ regions of bacterial mRNAs. (англ.) // Current opinion in microbiology. — 2015. — Vol. 24. — P. 132—139. — doi:10.1016/j.mib.2015.01.013. — PMID 25677420. [исправить]
  • Buskila A. A., Kannaiah S., Amster-Choder O. RNA localization in bacteria. (англ.) // RNA biology. — 2014. — Vol. 11, no. 8. — P. 1051—1060. — doi:10.4161/rna.36135. — PMID 25482897. [исправить]

Ссылки[править | править код]

  • База данных бактериальных малых РНК.

Источник

    Экзонуклеаза III —ДНК-специфическая фосфатаза. В небольших количествах обнаружена в клетках кишечной палочки и, как правило, ассоциирована с ДНК-полимеразой. Действие этого фермента весьма напоминает действие экзонуклеазы II, но экзонуклеаза III к тому же характеризуется высокоспецифичной фосфатазнойак- [c.88]

    Сколько типов ДНК-полимераз содержится в клетке кишечной палочки  [c.143]

    Сигма-фактор — см. РНК-полимераза кишечной палочки. [c.81]

    Наиболее изучены РНК-полимеразы прокариот, в частности кишечной палочки. РНК-полимераза кишечной палочки, представленная белком с М=487 ООО, состоит из пяти субъединиц двух а, одной р, одной р и одной ст. Форма субъединиц, их молекулярные массы и вероятный вариант компоновки показаны на рис. 46. [c.257]

    Из кишечной палочки был выделен белок-репрессор, который очень прочно связывается с ДНК у самого начала определенного гена, между промотором и инициирующим кодоном, и не дает РНК-полимеразе считывать этот ген. Так реализовалось одно возможное объяснение. [c.50]

    ДНК-полимераза III — фермент, обнаруженный в экстрактах из кишечной палочки. Этот фермент более термолабилен, чем ДНК-полимераза II, и легче ингибируется солями. Известны двойные мутанты кишечной палочки, биосинтез ДНК в которых весьма чувствителен к температуре. Эти мутанты не обладают активностью ДНК-полимеразы I, но имеют нормальную активность ДНК-полимеразы II и температурочувствительную активность ДНК-полимеразы III, что служит доказательством участия ДНК-полимеразы III в процессе репликации ДНК. [c.52]

    Корнбергу с сотрудниками в 1967 г. удалось получить вирус полусинтетическим методом. Это был фаг фи X 174, созданный с помощью ДНК-полимеразы фермента, который ответствен за синтез новой ДНК-цепи при редупликации ДНК. Они извлекли 600 мг этого фермента из 90 кг бактерий кишечной палочки. [c.171]

    Впервые ДНК-полимераза была выделена из кишечной палочки А. Корнбергом и сотр. (1958). Поскольку в последующие годы из этой же бактерии были вьщелены еще две полимеразы, она получила название полимеразы I. [c.249]

    ДНК-связывающий белок активирует ДНК-полимеразы II и III. Сейчас он выделен и из клеток эукариот. В противоположность ДНК-связывающему белку существует и выделен белок, биосинтез которого у кишечной палочки кодируется геном № 5 фаговой хромосомы. Этот белок полностью блокирует матричную активность ДНК, т. е. является антагонистом ДНК-связывающего белка. [c.251]

    РНК-полимераза кишечной палочки — ДНК-зависимая РНК-полимераза, которая подобно РНК-полимеразам других организмов катализирует реакцию биосинтеза РНК на ДНК-матрице из рнбонуклеозидтрифосфатов. [c.80]

    РНК-полимераза кишечной палочки в настоящее время получена в высокоочищен-ном виде, многие ее структурные и функциональные особенности изучены. Холофер-мент с мол. массой 500 ООО в определенных условиях диссоциирует на несколько субъединиц. Две из них получили название а-цепей, каждая с мол. массой 39 ООО, одна — Р-цепи (мол. масса 155 ООО), одна — Р -цепи (мол. масса 165 ООО) и одна — о -фактора (мол. масса 95 ООО). Холофермент без а-фактора называется кор -ферментом. а-Фактор инициирует синтез РНК- Холофермент без а-фактора может катализировать синтез РНК на матрице ДНК тогда, когда используется гетерологичная ДНК. Добавление же а-фактора в систему с гомологичной ДНК восстанавливает синтез. С началом синтеза РНК а-фактор высвобождается с транскрипционного комплекса и может быть снова использован для активации кор -фермента. а-Фактор узнает гены, с которых должна транскрибироваться РНК. В отсутствие ст-фактора кор -фермент начинает транскрипцию РНК с произвольных генов ДНК, а при наличии его — со специфической стартовой точки. [c.80]

    Главной полимеразой кишечной палочки является ДНК-полимераза III. Это—сложный, термолабильный белок (М = 300 ООО), состоящий из субъединиц сх (140000), р (37000), у (52000), 6 (32000), е (25000) и (10000) полимеразную реакцию осуществляет каталитический кор из oi-, е- и 0-субъединиц, в котором главную роль играет сх-субъединица р-, у- и 6-субъединицы являются регуляторными и усиливают действие каталитического ядра ДНК-полимеразы III. В клетке кишечной палочки всего 20 молекул этого белка. Именно ДНК-полимераза III ответственна у кишечной палочки за процесс репликации ДНК. Она работает в ее клетке в комплексе с белковыми факторами, тоже принимающими участие в репликации ДНК, полностью обеспечивая главную ступень ее биосинтеза—элонгацию (продолжение) сборки дезоксиполирибонуклеотидной цепи. [c.250]

    Потом наступила очередь второго. Когда кишечная палочка заражается бактериофагом Т7, то сначала часть генов фаговой ДНК считывается хозяйской РНК-полимеразой. Но потом появляется совсем другая, фаговая РНК-полимераза, которая начинает считывать остальные, так называемые поздние , гены фаговой ДНК. Так в зараженной клетке происходит процесс перехода власти от законного хозяина, ДНК Е. oli, к вторгшемуся паразиту — фаговой ДНК. Заметим, между прочим, что факт переключения синтеза молекул РНК с ранних на поздние при фаговой инфекции был открыт нашим соотечественником Р. Б. Хесиным и его сотрудниками на рубеже 50-х и 60-х годов. [c.51]

    ДНК-зависимая ДНК-полимераза (К. Ф. 2. 7. 7. 7.) — ДНК-нуклеотидилтранс-фераза, или фермент Корнберга (ДНК-полимераза 1), осуществляющий полимеризацию дезоксирибонуклеозидтрифосфатов на ДНК-матрице в присутствий ионов Выделенный из кишечной палочки после тщательной очистки фермент представляет собой препарат, гомогенный по критериям седиментации, хроматографии и электрофореза в крахмальном геле. Наряду с полимеразной активностью фермент обладает также экзонуклеазной активностью. [c.50]

    ДНК-полимераза II — ассоциированный с клеточной мембраной кишечной палочки фермент, синтезирующий из дезоксирибонуклеозидтрифосфатов ДНК в направлении 5 – 3. Он максимально активен при наличии всех четырех трифосфатов, [c.52]

    Терминацня транскрипции выражается в том, что РНК-полимераза узнает сигнал окончания синтеза РНК, в результате чего синтезированный полирибонуклеотид отделяется от ДНК-матрицы. Из экстрактов кишечной палочки выделен белковый фактор с мол. массой 200 ООО, с помощью которого РНК-полимераза узнает сигналы терминации. Этот белок был назван р-фактором. При отсутствии этого белка в бесклеточной системе на ДНК-матрице РНК-полимераза синтезирует гетерогенные РНК (от 5S до 35S), тогда как при добавлении р-фактора половину синтезирующей ся РНК составляют 12S- и 7S-PHK. Аналогичный механизм имеет место и при транскрипции соответствующих генов in vivo. [c.83]

    Эююнукдеазы II и VI — экзонуклеазы, связанные с ДНК-полимеразой I кишечной палочки. Они осуществляют экзогенное расщепление ДНК соответственно в направлениях 3 -> 5 я 5 -> 3. Расщепление в направлении 3 -> 5, по-видимому, присуще той же молекуле белка, которая обладает и ДНК-полимеразной активностью. Расщеп-левие ДНК в этом случае начинается с З -гидроксильного конца цепи с образованием 5 -монофосфатов. В отличие от экзонуклеазы I этот фермент может осуществлять гидролиз я динуклеотидов, кроме того, он может гидролизовать ДНК не только с З -конца, но и с 5 -конца, в результате чего образуются 5 -мононуклеотиды. Лучшим субстратом для j j фермента являются денатурированные ДНК, но он не действует на олигонуклеотиды с 3 -фосфатным нуклеотидом на конце и на РНК. [c.89]

    Л. Н. Ананьева и Ю. В. Козлов в нашей лаборатории поставили задачей выяснить, обладают ли ингибирующим действием все гистоны или только некоторые из них. Для этого из хроматина клеток асцитного рака Эрлиха мышей удаляли гистоны экстракцией растворайи Na l с постепенно повышающейся концентрацией. Полученные препараты служили матрицей для синтеза РНК. Транскрипцию вели в присутствии РНК-полимеразы из кишечной палочки, [c.143]

    Она была впервые предложена А. Корнбергом (1958) на основании опытов, проведенных с ДНК-полимеразой, вьщеленной из кишечной палочки. В том же году С. Шпигельман тоже из кишечной палочки получил РНК-полимеразу (см. рис. 46). Позже она была изолирована из тканей млекопитающих и других животных. РНК-полимераза in vitro обеспечивает синтез РНК по аналогичной схеме  [c.246]

    В клетке кишечной палочки содержится около 400 молекул ДНК-полимеразы I—белка (М = 109 ООО), содержащего один атом Zn и представленного одной полипептидной цепью. ДНК-полимераза I хорошо связывается с одноцепочечной ДНК или с зонами разрыва фосфодиэфирных связей в биспиральной ДНК. Она обладает ясно выраженной ДНК-полимеразной активностью, т. е. способна ускорять реакцию переноса дезоксирибонуклеотидильных остатков с дезоксирибонуклеозид-5 -трифосфатов на растущий конец полидезоксирибонуклеотида—3 -гидроксильную группу дезоксирибозы его концевого нуклеозида. [c.249]

    Кроме того, ей присуща экзодезоксирибонуклеазная активность в отношении одноцепочечной ДНК в направлении 3 – 5, т. е. тоже со стороны концевого дезоксирибонуклеозида, а также в направлении 5 – 3 со стороны начального дезоксирибонуклеотида молекулы. В 1-м случае достигается удаление с наращиваемого в процессе синтеза ДНК З -конца молекулы неправильно (ошибочно) присоединенных нуклеотидных остатков, во 2-м—разрушение праймера, необходимого для синтеза фрагментов Оказаки (см. ниже). Последнее очень важно. Так, у мутантов кишечной палочки, утративших эту функцию ДНК-полимеразы I, накапливаются фрагменты Оказаки и биосинтез ДНК приостанавливается. Сейчас полагают, что ДНК-полимераза I имеет большее отношение к созреванию реплицирующейся ДНК, нежели непосредственно к полимеразным процессам в репликационной вилке. Последняя функция более присуща ДНК-полимеразе III. [c.250]

    ДНК-полимераза II присутствует в клетке кишечной палочки в количестве около 40 молекул (М=900Р0). Она представлена одной полипептидной цепью. ДНК-полимераза II плохо соединяется с одноцепочечными ДНК, но отлично оккупирует точки разрыва в одной из цепей биспиральной ДНК. Обладает лишь 10%-ной ДНК-полимеразной активностью по сравнению с ДНК-поли-меразой I. [c.250]

    Кроме ДНК-полимераз, обладающих у прокариот к тому же нуклеазной активностью, в биосинтезе ДНК принимает участие ДНК-лигаза. Она открыта в 1967 г. одновременно в пяти лабораториях. Это белок с М = 96000. В клетке кишечной палочки, например, насчитывается около 2000 молекул ДНК-лига-зы. Ее функция состоит в обеспечении каталитического ускорения реакции образования фосфодиэфирной связи между 3 – и 5 -концами цепей ДНК, сближенных на расстояние одного нуклеотидного звена и закрепленных на комплементарной им, но непрерывной другой цепи ДНК. Такая ситуация возникает во многих случаях при устранении разрывов в одной из цепей ДНК, вызванных облучением, действием нуклеаз и т.п. при соединении новообразованного при репарации или в процессе нормальной репликации фрагмента с предшествующими или вновь созданными при этом фрагментами ДНК при ковалентном замыкании линейной молекулы ДНК в кольцевую структуру и т. п. Механизм ДНК-лигазной реакции представлен на рис. 84. ДНК-лигаза нашла применение в работах по синтезу генов и их фрагментов. [c.251]

Биохимический справочник (1979) — [

c.80

]

Источник